Es ist bekannt, dass Minocyclin (ebenso wie andere Antibiotika) zu einer Candida-Besiedlung, insbesondere der Mund- und Darmschleimhaut, führen kann. Auf die Möglichkeit dieser unerwünschten Wirkung wird in der Fachinformation hingewiesen. Im deutschen Spontanerfassungssystem (gemeinsame Datenbank von BfArM und AkdÄ; Stand 29.10.2004) sind 282 Meldungen zu Minocyclin registriert.